病毒特性，如上文总结擢爻充种的，感染人体的病毒的本身特性具有疾病预后的价值。相对于HIVR5表型的病毒而言芟坳葩津，具有致细胞病变性质的X4病毒与快速疾病进展相关性更紧密。然而，病毒表型从R5向X4的转换并不是必然表明患者会进展为发病期。在将近半数的艾滋病病人体内存在R5型病毒，这些病毒比来自HIV无症状感染者的R5病毒具有更强的复制能力。
已有研究表明，决定于pol基因的病毒复制能力的提高，与CD4+T细胞数下降和病程进入艾滋病期相关。而且，应用分离自不同临床期的病毒进行PBMC感染研究表明，最强的病毒复制能力(产生子代病毒的能力)与感染者进入发病期相关。尽管如此，在对一些感染者进行的跟踪研究中，病毒表型从R5向X4转换后，血液中的病毒RNA水平并未上升。这样的发现突出了下述事实，病毒载量或者表型本身不足以成为预示病程进人发病期的单独指标，可能也不能提示说疾病预后是最糟糕的。免疫系统的总体状况才是决定病程的主要因素。
就病毒而言，nef基因(尤其是nef基因和LFR之U3部分重叠的区域)的缺失突变，可能与疾病进展缓慢相关。在这种缺失突变病毒的某些感染者中，患者感染病毒近14年后仍然保持健康状态；vpr基因的R77Q突变也与延缓疾病进展相关。
在评估HIV不同亚型与临床病程特点的相关性时，发现感染D亚型病毒相对于感染A亚型、B亚型和一些亚型间重组病毒而言，CD4+细胞计数更低、疾病进程更快。其他研究还注意到，感染C、D或G亚型病毒者进展为艾滋病的可能性比感染A亚型者高8倍。为什么感染A亚型病毒具有相对较好的疾病预后，目前并不清楚其原因。重要的是，绝大多数研究数据并提示我们，在资源有限地区的HIV感染者在进展到临床发病期方面没有区别，但是这些感染者在进展到艾滋病期后其存活时间是不同的。这些观察结果，很可能反映了临床护理的有效性。有些研究提示，人体感染HIV早期被不同变异株多重感染后，会更快地进展到发病期。与男性相比，在女性中这种多重感染情况似乎更常见。这似乎说明在发生感染时，女性的抗病毒免疫应答能力低下。