系统进化树又称为演化树,是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.在树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先,而节点的线段长度对应了其演化的距离。
工具/原料
电脑
MEGA软件
方法/步骤
1、在NCBI上搜索所需的目的序列,以Metallothionein(MT)为例。
2、将所需目的序列复制到Word上,形成如图格式。
3、下一步用MEGA7构建进化树。首先打开MEGA,然后点击Align,点击Edit/BuildAlignment,然后在弹出的小框中选择Createanewalignment,点击OK,根据你的需求选择Protein或DNA,如果比对的是核酸则点击DNA,若是蛋白质则点Protein.在此以Protein为例。
4、点击Protein,出现如下第一张图所示,然后将目的序列粘贴,变成第二张图所示。
5、点击Date菜单中的PhylogenticAnalysis点击Yes,然后在主菜单中点击Analysis,点击Phylogeny并选择第二个。点击YES,然后在弹出的框中点击compute
6、下图即为所构建的进化树。