NCBI的强大功能令人侧目。其中,我们在获取蛋白序列后,常常需要查找其对应的基因名称,为了便于研究,常常需要查找标准参考菌株(或其他细胞株等)的同源基因信息,那么应该如何做呢?NCBI的BLAST就可以解决问题。
工具/原料
电脑
NCBI
方法/步骤
1、首先登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,NCBI首页。点击首页下端BLAST,进入blast界面。
2、BLAST界面提供blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等选项。已知蛋白序列,查找某菌种对应的同源基因信息,点击tblastn
3、点击进入后,复制蛋白序列到序列框,或者“选择文件”。选择Organism。完成上述信息后,点击blast。若有多个蛋白序列需要blast,建议勾选blast按钮旁边的“新窗口显示Showresultsinanewwindow”
4、跳转新页面后,网页会自动blast。每隔1s,2s,3s,7s等不停刷新网页,直至比对出结果,此时耐心等待。
5、比对结果完成后,页面显示如下。此时可查看结果。Sequencesproducingsignificantalignments栏中的Per.Inden越高越好。另一方面,Alignments栏下的Identities,Positives较重要。一般range1时比对结果最好的选择。此时可点击GeneBank跳转到genebank界面,查看对应基因信息。
6、有时genebank显示的时completegenome,此时拉到FEATURES查看香关具体信息。
7、ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_NewBLAST.pdf