绩效考核定位模糊
所谓考核的定位问题，其实质就是通过绩效考核要解决什么问题，绩效考核工作的管理目标是什么。在现实应用中，许多企业考核定位存在的问题，主要表现在绩效管理体系中考核定位模糊、缺乏明确的目的或对考核目的定位过于狭窄，或者为了考核而考核，使考核流于形式;或者只是为了奖金分配而进行，考核制度甚至等同于奖金分配制度，非常明确地规定某项工作未完成要扣多少钱等惩罚性措施，罚多奖少，使得员工的注意力都集中在如何避免犯“规”被罚，而不是如何努力提高工作绩效上。更严重的是在某些企业甚至出现员工尽可能少做事的现象，因为做得多，犯“规”的几率就大，也就意味着被罚的几率大。所以，没有人愿意承担那些对于企业非常重要、但容易犯“规”的工作。加上考核方法不完善、考核结果不准确，势必造成员工对考核的抵触。
绩效指标缺乏科学性
选择和确定什么样的绩效指标是考核中一个重要的，也是比较难于解决的问题。在实践中，很多企业都在追求指标体系的全面和完整。所采用的绩效指标通常一方面是经营指标的完成情况，另一方面是工作态度、思想觉悟等一系列因素。包括了安全指标、质量指标、生产指标、设备指标、政工指标等等，不同专业的管理线独立管理着一套指标，可谓是做到了面面俱到。然而，对如何使考核的标准尽可能地量化具有可操作性，并与绩效计射相结合却考虑不周;而且作为绩效管理，应该主要抓住关键业绩指标，将员工的行为引向组织的目标方向，太多和太复杂的指标只能增加管理的难度和降低员工的满意度，影响对员工行为的引导作用。
绩效考核的主观性
健全的人事考评制度就是通过对员工过去一段时间内工作的评价，判断其潜在发展能力，并作为对员工奖惩的依据，但在实践中，评估的正确性往往受人为因素影响面产生偏差，常见的如;晕轮偏差，即以偏概全，“部分印象影响全体”;类己效应，对那些和自己的某一方面(种族、籍贯、性别、学历、专业、母校、志趣、业余爱好等)相类似的人有偏爱而给予较有利的评估;趋中效应，硬套。两头小，中间大”的一般性规律，不从事实出发，或由于没仔细考察下级的表现而不愿给出“最优”与最劣”的极端评语，干脆来个平均主义，一视同仁，都评个“中等”；近因效应，不久前发生的、时间较近的事件印象较深，认为这便是具有代表性的典型事件或行为，当作被评者的一般特征，较久远的事则忘记了或忽略。人事管理制度中的种种缺陷大都来自考核的主观性与片面性，其结果势必影响考绩的可信度与有效度。
绩效考核缺乏沟通与反馈机制
绩效评价被当作"机密”和人事考评的不公开性，加重了职工对考评的不安心理和对人事部门的不信任感，降低了考评对职工指导教育的作用。在许多企业中员工对绩效管理制度缺少了解，许多员工反映不知道公司的考核是怎样进行的，考核指标是如何提出来的，考核结果是什么，考核结果究竟有什么用处等等，至于自己在工作中存在哪些问题，而这些问题又是由什么原因造成的，应该如何改进等就更无从得知了。