元朝末年,天灾人祸不炝里谧艮断,汉人在蒙古有的欺压下积恨日深,在动乱的武林中,出现了二十四字真言:“武林至尊,宝刀屠龙,号令天霍丶魇汜下,莫敢不从,倚天不出,谁与争锋”。
话说张翠山夫妇与谢逊在荒岛上过了多时,这日殷素素生下了一个男,谢逊为其取名为无忌,十年后,张翠山夫妇与小无忌回到中原,而谢逊依然留在荒岛上。
张翠山夫妇回到中原,小无忌在半路被蒙面的官兵用玄阴掌打伤,在武当,张翠山夫妇被武林各派逼问谢逊的下落,夫妇俩不甘受辱先后自尽。
张三丰带小无忌上少林寺欲求易筋经为小无忌解毒,无奈少林并不开恩,张三丰只好带着小无忌郁郁下山,在山脚打退官兵救出已中截心掌的常遇春及女孩周芷若,为报恩常遇春与小无忌去蝴蝶谷找神医,而张三丰带周芷若回了武当。
在蝴蝶谷,神医胡青牛让无忌加入明教,否则见死不救,小无忌记着张三丰的教诲,坚决不从,胡青牛其后发现小无忌中的是疑难杂症,决定先医好后再把他弄死。小无忌得到《子午针灸经》后,发现可以用“烈火丹”与“镇风丸”制成截心掌的解药。用柴刀去后山砍下竹枝制成竹针,其后从胡青牛口中得到以“青蛇+防风”可得镇风丸,从书房的书经中得到“大蒜+鹿茸”得烈火丹,合成解药后救好了常遇春。
这天圣手伽蓝简捷等三人负伤入谷求医,胡青牛自然也是见死不救,不久小无忌发现受伤的峨嵋派的纪晓芙及其女儿杨不悔,为了救纪晓芙,再次向胡青牛求教,得到解药是“寒潭白鱼”,又去砍了支竹枝,与鱼钓合成“无饵鱼钓”,将其放入物品栏的手中,再在柴房右上角的角落得到蚯蚓,组成“有饵鱼钓”,去后山的水潭中钓得“寒潭白鱼”,治好了纪晓芙。简捷三人见小无忌年纪轻轻有如此大的医术修为,苦苦哀求小无忌为其救治,小无忌只好一试。在迷宫中找到“蜂蜜”与“断血散”,并得到了药王神康海的经书,在房前的树下挖出蜈蚣与红蝎,加上酒合成了“二仙化毒膏”,解救了三人的痛苦。但是三人的病情反复无常,小无忌很是奇怪,这天发现一黑衣人在水中下毒,却是胡青牛的情人师妹王难姑,两人斗气几十年,这次又互斗毒药而倒下,来找麻烦的金花婆婆见此安然而去,小无忌随后用“牛黄+血竭”调成牛黄血竭丸,救起两人,两人让小无忌造个假坟以骗金花婆婆,赠与三颗九转苍龙与三支千年雪参后飘然而去。
小无忌造完假坟后骗过了金花婆婆,此时灭绝师太出现,弟子丁敏君不知天高地厚向金花婆婆无理,被金花婆婆打飞,灭绝师太与金花婆婆对决(动画)。金花婆婆不敌倚天神剑离开。此时灭绝师太要纪晓芙回杨逍身边伺机杀杨逍,纪晓芙宁死不从,死于灭绝师太掌下。小无忌赶快拉着杨无悔逃走。
两孩童在半路遇上了昆仑派的少女詹春奉命追杀苏习之,原因只不过是因为苏习之无意见看到何太冲练剑。苏詹两人同时负伤,小无忌为了救两人,来到城镇里找齐“何首乌”、“燕窝”、“五味子”与“紫河车”四样物品(虽然药店的老板不在家,不过可以从街上那货郎中处购得)。苏两人醒来后自是感激不尽,小无忌见两人上昆仑,于是一齐同行。
在昆仑山上,掌门何太冲因为小妾五姑身中怪病全身浮肿而气恼,这时詹春向掌门推荐小无忌,小无忌发现病由金银血蛇引起,为了捉蛇,小无忌以“断肠草+青陀罗花”制成“驱虫水”,以“鸡蛋+灵脂兰”制成“醉蛇丹”,捉住两条金银血蛇,救了五姑。何太冲为此感激而送小无忌下山时,却被冲出来的大夫人班淑娴拦截,原来蛇是她所放,何太冲是个老婆奴,只好打算杀掉小无忌,此时杨逍出现,救出两个小孩童。小无忌把杨不悔的身世告诉了杨逍,随后独自下山,却被追来的班淑娴打下了悬崖。
小无忌醒来后,发现身在一世外桃源之中,不久看见一个白猿相当痛苦,原来是肚里有硬块,为了医治白猿,小无忌从池边拾起一块石头,从石壁上敲下一块岩页,制成“石刀”,再用两个“椰壳”制成线,用鱼骨制成鱼骨针,将两者联成“针线”,再按照当年在胡青牛房中画上看到的“麻沸散”配方,将“黄莲+白芍”制成“九九丹”,将“大蒜+虎骨”制成“收魂丹”,再将两合成了麻沸散,医好白猿好得到了九阳真经…
转眼十年过去了,小无忌也长大了,这天他研究出“钉头七箭”的奥秘,并由此明白了九阳真经的真意。运功对石壁打出了个洞来,走出了外面的花花世界来。行至不远处,遇上灭绝师太率众大举围攻明教洪水旗(动画),无忌以灭绝当年打死纪晓芙一事请灭绝师太放过洪水旗,灭绝师太不肯,要无忌以承其三掌为代价,此时周芷若认出了张无忌。
张无忌进入明教大厅,发现了圆真和尚暗算了明教的杨逍等人,并很自得地说出一段与明教教主阳顶天夫人的往事。张无忌打败了圆真,圆真逃走,张无忌追出来,见到长大成人的杨不悔,认识了其身边丑丫环小昭,小昭带无忌进入明教暗道,在道内找到了圆真,打败他,却被他逃走,并放下了暗道的开关,无忌与小昭在最深处见到了阳顶天夫妇的尸骸,从中得到了阳顶天的遗书与“乾坤大挪移”经书,小昭认出其中的波斯文字,无忌从而一层层地学会了乾坤大挪移,直到第七层,随后也学得“七伤拳”。先后按下旁边代表八卦的八条柱子,打开了无妄之门,来到了光明顶。
一路上尸横遍地,进入明教大厅(之前请存盘,并确保你已有足够的武力与药品补给),发现明教已呈败象,只余白眉王在苦苦抵挡,张无忌加入了战团。先后打败了宗维侠、少林派(动画,领会了少林龙扒手)、华山鲜于通、高矮老者、班淑娴四人、灭绝师太,其后灭绝师太使出了倚天神剑,张无忌借来的白虹剑与紫龙刀都不堪一击,张无忌打散小尼姑,扰乱了灭绝师太的心情,从而取得倚天神剑,并交由周芷若,灭绝师太令周芷若下手杀张无忌,周姑娘失手误伤张无忌,张无忌流血不止,其后宋青书取巧出战,也被张无忌打败,武林各派先后退去,而武当六侠殷梨亭欲向杨逍报纪晓芙之仇,其时意识模糊的张无忌道出了自己的身份。
不久江湖三流帮派攻打明教,张无忌希望明教先退入密道,以留得青山在,明教众人力推举张无忌为明教教主,张无忌无法推辞,当上了江湖亦正亦邪的第一派明教的教主。