口袋妖怪虽然在两个版本中准备有同样内容的剧情故事，但各场景的角色、对白都可以各自替换。而且游戏一开始时玩家还可以自由选择主角的性别，依玩家性别不同，另一个性别主角也会以游戏中帮助主角的博士小孩身份登场，并向主角进行口袋妖怪的挑战。以下说一下红宝石攻略
方法/步骤
1、打开游戏选好性别以及名字，选好后，你会发现你在卡车上，进屋后上2层，对着钟表按A，选好时间后下楼，看完电视后就可以出家了。
2、如果看到一个与你性别不同的孩子，和他对腑尸倚匝话，他会跑掉，这时出去向上走，会见到博士在被追赶，按地上的背包，随便选一只精灵把博士救出来，然后会回到博士的研究所，博士会把精灵送给你，往上走，会遇到拉慝盐後你刚才对话后跑掉的对手，和他打完后回到研究所，博士会给你精灵图鉴。出来后往上走，妈妈会给你运动背心，以后按B可以跑了。
3、然后向左走，过了一片森林后到了一个城，这就是第一会馆的所在地，得到技能39。去缔眠箨盘精灵中心左边的屋中可拿到秘笈01。然后一直向上走芟坳葩津，再向左走，会见到一个山洞，进去把那个海鸥边人打败，你会得到行李，出去往左走，那个人会带你去一个公司的3层，那的社长会给你主菜单并拜托你送个信。
4、出公司后一直往下走，穿过森林，来到一个海边小屋边，里边的竟然是你刚才救的老人和海鸥，和老人对话，他会带你过海，这样我们就来到了一个小岛上。
5、我们先送信还是打会馆都行，打完会馆后得到技能08。送信在那个山洞中，进门可得秘笈05，收信人在最里边，送完后得到技能47。事情后，我们就接着让老人带我们去下个城市吧！
6、回到自行车城市，得到秘笈04，打败挑战者得到秘笈02，继续按路走会见到一个会馆，打完会馆，得到技能40。再向右走就是海了，一直往左走，到野生原野区下边下海，游一会见到一个山洞，进去穿过去就行了，按路一直走到塔顶。得到红宝石。
