单细胞转录组测序技术吸引人的应用之一是解码复杂的细胞异质性，并建立不同组织或器官中所有类型细胞的参考图谱。那么当研究人员通过单细胞转录组分析，得到各个聚类群以后（cluster0,1,2……n）,关注的问题自然是定义各cluster的细胞类型。那么如何建立cluster与真实细胞类型之间的联系呢？一般情况下会通过寻找细胞的特征性基因(markergene)来定义每一个细胞群体。小编就为大家介绍两个已知单细胞marker基因数据库：
方法/步骤
1、CellMarker数据库通过搜集100000多篇已发表论文水貔藻疽，收录了人的158种组织、467种细胞类型的13605个罪焐芡拂markers以及小鼠的81种组织、319种细胞类型的9148个markers。CellMarker数据库为用户提供了在不同组织、不同细胞类型中查找目标细胞标记物的功能。在“browse”页面中，左侧层级树的面板中展示出了人和小鼠细胞、组织的分级结构,用户可以通过点击自己感兴趣的组织或细胞类型来浏览相关的细胞标记物。在“search”页面中，用户可以通过从下拉菜单中选择物种、从组织层级树中选择组织类型、从细胞层级树中选择细胞类型来搜索感兴趣的markergene。
2、PanglaoDB通过对1000余项实验的单细胞数据进行计算分析，在数据库中纳入了400万个细胞的基因数据，涉及人类和小鼠中200余种组织来源（其中184种人类组织，74种小鼠组织）。
3、单细胞转录组测序分析流程：（以天津生物芯片服务流程为例）
