根据《土地增值税清算管理规程》(国税发[2009]91号)第二十七条审核利息支出时应当重点关注：
(一)是否将利息支出从房地产开发成本中调整至开发费用。
(二)分期开发项目或者同时开发多个项目的，其取得的一般性贷款的利息支出，是否按照项目合理分摊。
(三)利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
《企业会计准则第17号——借款费用》第六条规定：(一)为购建或者生产符合资本化条件的资产而借入专门借款的，应当以专门借款当期实际发生的利息费用，减去将尚未动用的借款资金存入银行取得的利息收入或进行暂时性投资取得的投资收益后的金额确定。
因此，土地增值税清算时扣除利息的利息支出应为减去存款利息收入之后的余额。
扩展资料：
对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；
对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。
应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。
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