运腩柽鬣盛用lammps里面的moltemplate包使用oplsua力场必定需要创建oplsaa.lt文件,因为现在最新的lammps-stable版本里已经删除了如何创建oplsaa缕计瓤账.lt这个文件的txt文件,所以有必要通过百度经验分享给大家。
工具/原料
lammps安装包
Linux系统
方法/步骤
1、首先到这个网址上,把这个网址的内容复制下来。http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm。粘贴到一个txt格式的文本文件里。
2、在AtomTypeDefinitions这部分,把你要粗粒化的原子留着不要动,其他的删除。其他部分不要动。保存起来,重命名为oplsaa_subset.prm。比如要粗粒化CH3和CH2基团,如下图所示。
3、把oplsaa_subset.prm这个文件放到lam葡矩酉缸mps/tools/moltemplate/moltemplate/d髫潋啜缅epreciated这个路径下。因为在这个路径下有另一个我们需要的文件,oplsaa_moltemplate.py文件。
4、打开终端,cd到这个路径下,写入一行代码pythonoplsaa_moltemplate.pyoplsaa_subset.prm。
5、当出现oplsaa.lt文件的时候说明你成功了。有了这个文件再加上构型文件就可以用moltemplate.sh创建data文件。