宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序，分析特定环境中微忭孚鲟苎生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系芟坳葩津，发现具有特定功能的基因。宏基因组测序无需分离纯培养微生物，较大扩展了微生物资源的利用，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质。宏基因组研究分两个方向：扩增子测序和全基因组测序。扩增子测序，涉及特定序列位点的PCR扩增，通常是16S/18SrDNA。宏基因组的物种分类，一般用OUT（operationaltaxonomicunit），即可操作单元来表示。通常原生生物使用16SrDNA来衡量，真核生物的OUT使用18SrDNA来衡量。
工具/原料
1）通过宏基因组测序的方法，将肠道微生物与疾病进行关联分析以揭示疾病与健康个体间的微生物差异；
2）鉴定特定环境中的特定微生物发现耐受菌种及相关基因。
3）可以靠痤张闼研究物种的分类，研究与特定环境相关的代谢通路，以及通过不同样品的比较研究微生物群落内部、微生物与环境、微生物与宿主之间的关系。
方法/步骤
1、扩增子序列（16rDNA)分析流程：
2、结果示例：图1不同样本OUT（operationaltaxonomicunits）丰度的热图展示
3、图2实验组和对照组在属水平上生物种类分布的柱状图和饼状图
4、图3系统发生树
