QTL分析软件比较多，对于多地点的QTL分析，比较常见的做法是先定位单环境QTL，然后再计算QTL与环境互作。这种方法有很多缺陷，特别是在有缺失值的情况下。GenStat有专门模块定位单性状多环境QTL，在相关杂志上发表了很多文章，比如：Ngoot-ChinT,JohannesJ,JayanthiN,etal.IdentificationofQTLsAssociatedwithCallogenesisandEmbryogenesisinOilPalmUsingGeneticLinkageMapsImprovedwithSSRMarkers[J].PlosOne,2013,8(1):e53076-e53076.MohamedEl-Soda,MartinP.Boer,HedayatBagheri,etal.Genotype–environmentinteractionsaffectingprefloweringphysiologicalandmorphologicaltraitsofBrassicarapagrownintwowateringregimes[J].JournalofExperimentalBotany,2014.本次针对玉米的F2群体，对于8个环境检测产量的QTL，F2群体有211个家系。
工具/原料
GenStat（18th）
利用GenStat的三个模型：SIM、CIM、SelectfinalQTLmodel
方法/步骤
1、数据准备：表型数据：第一列为基因型（品系）、第二列为环境、第三列为产量（观测值）图谱数据：第一行是标记名称，第一列是基因型（品种）名称，第二行和第三行是两个亲本的信息。基因型数据：第一列是标记名称，第二列是染色体，第三列是染色体上的位置。没有行头。
2、打开GenStat软件
3、导入表型数据：•Stat->QTL(LinkageorAssociation)->dataimport->Loatphenotypicdata1选择一个观测值yield导入到trait means2选择基因型G3选择环境E
4、导入基因型数据和图谱数据：•Stat->QTL(LinkageorAssociation)->dataimport->loadGenotypic(markandmap)data导入基因型数据导入表型数据选择群体来类型：F2
5、选择分析方法：单性状多环境连锁分析：QTL_analysis->SingleTraitLinkage(Single Environment)
6、简单区间作图：SIM
7、SIM结果：
8、复合区间作图模型（CIM），默认辅助因子（cofactor），模型如下：
9、CIM结果：
10、QTL与环境互作模型：
11、结果一：用基于Reml的混合线性模型分析方法，查看方差分量，以及QTLXE的互作显著性检测
12、结果二：QTL XE的互作显著的QTL的信息，包括QTL的位点、效应、贡献率、贡献亲本
13、结果三：QTL在不同环境的贡献率
14、结果四：QTL与环境互作图形显示，图像显示共有7个QTL检测出与环境互作，这些QTL有的与环境互作正向，有的为负向，第七个QTL在所有环境中互作都为正向，考虑到这是产量的QTL定位，这个QTL可能更有意思。
