如何解读冗余RDA分析
方法/步骤
1、执行物种spe1与环境变量env1的线性回归(由于此处示例中仅存在一个环境解释变量,故此回归为一元线性回归;当存在多解释变量时,即为多元线性回归),将回归模型拟合的物种丰度值存储在拟合值矩阵,物种丰度的残差存储在残差矩阵。
2、如此对物种组成矩阵中的所有物种重复相同的操作,最终获得包含所有物种丰度拟合值及残差的两个矩阵。
3、回归过程执行完毕后,使用PCA,在拟合值矩阵中提取约束的排序轴,并在残差值矩阵中提取非约束的轴。
4、RDA排序结果产生的约束轴的数量为min[p,m,n-1];如侈砉齿垃果同时获得非约束排序结果(即PCA),则非约束轴数量为min[p,n-1]。其蒗钰妒蟥中,p为响应变量数量;m为定量解释变量数量以及定性解释变量(因子变量)的因子水平的自由度(即该变量因子水平数减1);n为排序对象数量。
5、尽管tb-RDA的应用拓展了RDA的适用范围,但无论常规的RDA或tb-RDA,样方或物种的降维过程实质上均以欧氏距离为基础。有时我们可能期望关注非欧式距离样方或物种关系的RDA。
6、db-RD钽吟篑瑜A将主坐标分析(PCoA)计算的样方得分矩阵应用在RDA中,其好处是可以基于任意一种距离测度(例如Bray-curtis距塾即孢忧离等,而不再仅仅局限于欧氏距离)进行RDA排序,因此db-RDA在生态学统计分析中被广泛使用。